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公司增值稅怎么計算取決于公司是一般納稅人還是小規模納稅人。同時境外的單位或個人在境內提供應稅勞務，在境內未設有經營機構的，其應納稅款以境內代理人為扣繳義務人，會采取扣繳計稅方法。這3類計稅方法適用對象如下。
類型
適用范圍
應納稅額
一般計稅方法
一般納稅人
當期應納增值稅=當期銷項稅額-（當期進項稅額-進項稅額轉出+上期留抵稅額-免、抵、退應退稅額減免稅款）-應納稅額減征額
簡易計稅方法
①小規模納稅人、
②一般納稅人特定銷售項目
當期應納增值稅=當期不含稅銷售額×征收率（同時考慮減免稅優惠政策）
扣繳計稅方法
境外單位或個人在境內提供應稅勞務，在境內未設有經營機構
應扣繳增值稅=接受方支付的價款÷（1+稅率）×稅率
一般納稅人由于會計核算比較健全，采取了增值稅專用發票抵扣制度，計稅方法叫作一般計稅方法，這種方法的特點就是計算更復雜，對數據來源要求更細致。同時對于一些特殊項目也可以采取簡易計稅辦法（如不動產的出租），因此稅額計算是2種方法計算的合計數，同時考慮稅款減免和減征情況。而對于小規模納稅人，只采取簡易計稅方法，這種方法就是計算簡單，重點是對于銷售額的確定，同樣也要考慮稅款減免和減征情況。
對于一般計稅方法和簡易計稅方法同時要注意的第一個細節是1銷售額的確定。銷售額包括了增值稅專用發票（小規模納稅人也可以自行開具，但是收到專用發票時不能抵扣）、其他發票、不開票收入和視同銷售計算得出的銷售額，而不僅僅只是開票收入2含稅銷售額的換算情況①價稅合計金額②商業企業零售價③普通發票上注明的銷售額④價外費用視為含稅收入⑤逾期包裝物押金，這些都是含稅銷售額，要進行換算。 換算公式：不含稅銷售額=含稅銷售額÷（1+稅率/征收率）。3對于營業稅改征增值稅的納稅人，服務、不動產和無形資產有扣除項目的，計算稅額時要注意進行扣除。不含稅銷售額確定了，對于一般納稅人就確定了銷項稅額，對于小規模納稅人幾乎就確定了本期稅額。
對于一般計稅方法和簡易計稅方法都要注意的第二個細節是減免稅，減免稅包括減稅和免稅 。減稅包含稅額式減征（如金稅盤稅額抵減）、稅率式減征（如之前小規模3%征收率減按1%）。免稅指的是免征增值稅（如小規模納稅人對于3%征收率免征增值稅政策）。
對于一般計稅方法中的進項稅額，通常包括認證相符的增值稅專用發票稅額和其他扣稅憑證（如農產品收購發票或者銷售發票）。增值稅專用發票的認證最好在月初抄稅之后報稅之前完成網上認證，同時要注意對于剛變成一般納稅人在輔導期內這個情況（有些剛變成一般納稅人的企業并不存在輔導期），第一個月取得的專用發票進項可以認證但當期不能進行抵扣，要放到次月才允許抵扣。
對于一般計稅方法中的進項稅額轉出是一個特殊事項（比如發生一些非正常損失，或者收到增值稅進項發票錯誤開了紅字等）。
對于一般計稅方法中的上期留抵稅額數據來自上期期末留抵稅額。免、抵、退稅是指出口銷售環節增值部分免稅，進項稅額準予退稅的部分從內銷貨物的應納稅額中抵扣，不足抵扣的部分實行退稅。
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